中共十一届三中全会召开后，医疗卫生领域经过拨乱反正，公益性医疗卫生事业发展进入正常轨道。随着改革开放的不断推进，医疗卫生体制改革在摸索中前进。1979年1月，岩坦、永临、沙头、罗浮、四川、碧莲6个区卫生所改称区卫生院。1981年7月，公社卫生所改称公社卫生院。1982年6月，县卫生局设立医政股。1983年5月，县爱国卫生运动委员会进行充实调整，配备专职人员，设立专门办公室。1984年6月，县卫生局又增设药政、人事秘书、防保和计划财务4股。同时，公社卫生院改称乡（镇）卫生院。10月，永嘉县中医院在瓯北镇楠江中路建立。当时有职工73人，其中医务人员61人，设病床100张。是年，麻疹无死亡病例。
改革开放以来，个体行医人员猛增，直接影响了卫生院的经济收入，也冲击着卫生院中一些医务人员的思想。1984年前，全县59个乡（镇）卫生院都是亏损的。针对这种情况，卫生院开始实行多种形式的承包责任制。县卫生局对卫生院按医院管理、卫生防疫和妇幼保健3项指标进行经济补助。部分单位集体经济巩固，效益良好，其中较为突出的是江北、上塘、大岙、昆阳、界坑、张溪、陡门7个乡（镇）卫生院，1986年以来省卫生厅先后授予“文明卫生院”称号。但也有部分单位处于解体或半解体状态。为此，1988年5月，永嘉将乡（镇）卫生院下放给乡（镇）人民政府管理。
这一时期，卫生防疫工作的持续开展，使全县传染病的发病率逐年降低。以20世纪50年代后期为基准，80年代后期的年发病率下降92%以上。最显著的是呼吸道传染病，下降96.8%；其次是虫媒及动物源性传染病，下降94.7%，肠道传染病下降不明显。死亡率与发病率同步下降。最显著的是呼吸道传染病，下降至零；肠道传染病、虫媒及其他传染病，分别下降97.8%和95.1%。
1990年3月，国家卫生部会同国家计委、国家农业部、国家环保局和全国爱国卫生运动委员会制定《关于我国农村实现“2000年人人享有卫生保健”的规划目标（试行）》。随后，初级卫生保健工作和爱国卫生运动在全县全面展开，地方病预防工作和医疗卫生机构评审升级工作不断推进，基层公共卫生服务体系建设和医疗机构内部管理体制改革启动。是年起，全县医疗卫生单位实行院、站、所长负责制。至年底，全县有全民和乡镇集体医疗卫生单位72个，卫生技术人员1319人，病床741张，平均每千人占有病床0.91张，医生1.1人。当年传染病的发病率又比80年代后期平均年发病率下降58.7%，全年无死亡病例。
1991年起，永嘉组织人员到桥头、上塘、瓯北等乡镇捕获一定数量的老鼠，进行鼠血检测和鼠内脏培养，分离鼠疫杆菌。1992年，全县区、乡镇机构改革，原区卫生院作相应调整，岩头地段医院改名为楠溪江医院；罗浮区卫生院兼并瓯北镇卫生院改名为罗浮中心卫生院；永临、沙头、岩坦、碧莲、四川区卫生院均改名为中心卫生院。上塘、桥头镇卫生院享受中心卫生院待遇。是年起，县政府对上塘、瓯北、桥头、应坑等20多个乡镇的村民和小学生进行地方性甲状腺肿病的定点纵向监测。
1994年，国务院《医疗机构管理条例》实施，医疗机构管理进入法制化轨道。中心卫生院以上医疗卫生单位实行目标管理，与县卫生局签订责任书，与事业费补助挂钩。溪口乡卫生院试行股份合作制试点，个别发展较慢的卫生院实行承包责任制。对申请创办的医疗机构，按程序和基本标准验收合格，予以注册登记，核发《医疗机构执业许可证》。1995年，县爱国卫生运动委员会等9个部门联合下发关于推广农村卫生厕所的决定。1996年6月，永嘉县被省列入第四批《卫生部加强与促进结核病控制项目》县；7月建立县结核病防治所,挂靠县卫生防疫站。9月起，对全县结核病人实行归口管理和集中防治；加强对抗痨药品的统一管理；对痰菌阳性病人实行药品部分减免。
1997年起，按照“上、稳、并、转”的方针，根据一个乡镇办好一家卫生院的要求，乡镇卫生院有的转为门诊部或卫生室，有的转为防保型卫生院。是年，县中医院被评为国标二级甲等中医院。1998年，楠溪江医院、桥头镇卫生院分别升格为县二医、县三医。乡镇预防保健站建立，人员转为全民事业编制，实行县卫生行政部门和乡镇政府的双重领导体制。站长由乡镇卫生院院长兼任。1999年，全县社会办持有《医疗机构执业许可证》的村卫生室181家，个体诊所269家，门诊部1家，医院2家。
进入21世纪后，基层医疗卫生服务体系和公共卫生体系进一步完善，爱国卫生运动、地方病预防工作和医疗机构内部管理体制改革进一步深入。2000年4月，县政府在乌牛镇王宅村，枫林镇兆潭村、徐家湾村开展社区卫生服务试点，建立村民健康档案1301份，体检1301人。2001年，在岩头、上塘、瓯北等镇设立社区卫生服务站，建立村民健康档案6000余份。是年，永嘉县被列为省《结核病控制项目县》，对所有痰菌阳性结核病人实行抗结核药物免费治疗。11月，经国家卫生部专家实地考核，永嘉县已消灭丝虫病。2002年9月至2005年9月，列入《CIDA—WHO中国结核病控制项目》（加拿大援助的结核病控制项目县），扩大免费范围，对咳嗽三周以上就诊者实行免费X线胸片检查和痰检，凡诊断为传染性肺结核病患者（包括外来在永人员）给予全程抗结核药物免费治疗和检查。
2005年7月，对所有肺结核病人实行免费X线胸片、痰菌、肝功能检查和药物治疗。11月，县人民医院被评为国标二级甲等医院。上塘、瓯北等15个乡镇设置社区卫生服务中心，挂靠当地中心卫生院或乡镇卫生院。2006年，根据省政府关于开展农村健康工程建设的工作要求，县政府着手构建农村社区卫生服务三级网络体系，全面实施农民健康工程。2007年，县中医院成为省中医名院建设对象。2008年4月，县妇幼保健所和上塘镇中心卫生院合并组成县妇幼保健院，增挂上塘镇中心卫生院、镇中心预防保健站、镇社区卫生服务中心牌子。下设社区卫生服务站7家。
2009年，初步形成了以农村社区责任医生为骨干的农村公共卫生服务网络，县卫生局下发《农村公共卫生服务工作指南》，规范责任医生操作，通过分片分批分组、一对一的培训方式，提高责任医生的业务能力和服务水平。2010年3月，县委、县政府印发《关于深化医疗卫生体制改革的实施意见》，加快推进基本医疗保障制度建设；启动国家基本药物制度试点工作；稳步推进公立医院改革试点。12月，全部乡镇卫生院均增挂社区卫生服务中心牌子。2011年，县政府以创建省级卫生县城为载体，以城乡卫生整治为重点，促进爱国卫生运动全面深入开展。
2012年，水嘉扎实推进医药卫生机制改革，创成省级卫生县城。县委、县政府下发《永嘉县县级公立医院综合改革实施方案》《县级公立医院综合改革部分医疗服务价格调整方案》，决定从2012年12月31日24时起，县人民医院、县中医院正式启动县级公立医院综合改革，实行药品零差率销售。
此时，全县共设置医疗卫生机构523家，其中综合性医院1家，中医医院1家，公共卫生机构5所(县妇幼保健院与南城街道社区卫生服务中心合署办公)，镇(街道)卫生院25家，社区卫生服务中心13家，民营医院7家，门诊部38家，个体诊所60家，社区卫生服务站53家，村卫生室309家(其中公立92家)，医务室10家。全县卫生系统在编人员2325人，高级职称116人(其中正高级职称8人)，中级职称616人，执业医师(包括助理)1934人，注册护士1010人，床位1460张，按户籍人口计，每千人医师数1.99人、护士数0.96人、床位数1.38张。