医院内需要解决的管理问题可能非常复杂，通常情况下需要跨部门的沟通合作，首先将复杂的问题简单化，其次使用合理工具可以帮助医院管理者/医务人员做出更加科学的决策。
第一步：项目范围界定及目标设定
可使用SMART法则，即目标必须是特定的（specific）、可量化的(measurable)、可实现的(attainable)，而且和其他目标是相关的(relevant)、且是有时限性的(timebased)。例如在3个月内使门诊药房平均取药等待时间缩到10分钟。
第二步：分析改善点，团队头脑风暴，需要像剥洋葱一样逐层剖析。用以下工具整理流程现状改善项目。
流程图：可以发现流程中重要的节点，不同部门、信息、物流和人流的上下游，以及需要相互配合的关系。
鱼骨图定性分析工具：鱼头是要解决的问题、大的鱼骨代表可能导致的问题大的分类，小的鱼骨代表着大方面具体的原因。鱼骨图通常是管理中进行根本原因分析的模板。鱼骨图定性分析造成现状的分析，他的优点是可以全面和系统地总结问题，缺点是无法显示某个原因的重要性。
帕累托图定量分析工具：帕累托图又叫排列图、主次图。从概念上说，帕累托图和帕累托法则一脉相承，认为少数原因往往造成绝大多数的问题。也被称为二八原理，即80%的问题是20%的原因造成的。帕累托图是进行优化和改进的有效工具，通过量化，管理人员能够首先专注于解决最大的问题，以明确最重要的改善点。
紧急重要性分级矩阵：包括长期、中期、短期，改进难度分为困难、中等和简单。九宫格内可以首先选择规定时间内改进短期及改进难度简单的改善点，以达到激励团队的目的。
第三步：改善点归类为不同项目组并确定负责人
对于涉及医院部门较多、利益分配比较复杂的项目，可以使用利益相关分析表进行分析，明确医院各个利益相关方。项目实施的过程中，有助推的部门，也有阻碍者。因此，需要找到共同的兴趣，求同存异，推进项目。
第四步：制定项目的解决方案
有些项目的解决方案比较明显，可以达到共识；对于复杂的项目，需要用我们前面已经介绍到的平衡计分卡，进行定量和定性的评估。管理人员要提出多种解决方案时，一般是3-4种。定性分数用高、中、低划分，定量用1-5分。
第五步：确定项目实施方案并实施
可以使用树图，它是结合了解决方案执行点和甘特图的一种项目管理工具。项目细分到每个点，最后无法细分时，每个执行点都需要具体执行，时间化、责任化。
第六步：评估方案以及持续改进设计
项目评估指标分为两大类，过程指标和结果指标。过程指标是指对项目进程情况的分析，包括评估项目、评估方法、计划完成时间、是否按时完成、完成证据、没有完成的原因、如何调整计划。结果指标是指项目最终是否达到预期的结果。两个月后的结果、是否有提高、没有提高的原因、进一步改善的方法。还可以使用PDSA：称为戴明环。Plan(计划），Do(实施），Study(研究），Act(改进）。
还有一种形式是PDCA,其中C是Control(控制）。整个循环以计划开始，没有结束，始终在循环中进行。每一个项目进行中，管理者时时刻刻提醒自己，目前处于哪个环节，是否利用PDSA的方法持续改进。
项目管理六步法为医务人员和管理人员提供了一整套管理思路、工具和方法，是医院项目管理的主要思路、工具和方法。