医院运行机制改革的主要内容之一是分配制度的改革。在医院人力资源分类复杂的情况下，设计一套符合市场经济规律、体现医院在社会事业特点的绩效工资方案具有十分重要的意义。
 “以服务为导向，以患者为中心”的分配导向
 
在新医改的背景下，随着医疗市场竞争的日益激烈，临床医生和其他医学人才已成为医院提高核心竞争力的重要关键因素，其价值受到了广泛的关注。
 
医院多年来以收支结余为主线的分配模式，导致医院内部分配不平衡，不能体现按劳分配的原则，一些学科的发展也受到了限制。
 
过去医院内部绩效管理考核体系和综合管理体系的基本内容和核心是采取收支结余、经济效益挂钩的模式。
 
这种定位实质鼓励了临床科室主任拼命追求经济效益，这对当时落后的计划经济模式是进步的。但由于一切都以利益做导向，医院是发展起来了，可风气却被破坏了。
 
为了纠正这一趋势，我们应该采取更好的方法进行绩效评估。如建立标准化、统一化、公平合理的员工绩效考核体系，作为员工岗位设置和薪酬分配的基础。
 
“多劳多得、优绩优酬”的绩效考核与分配方案
 
收支结余不能真正反映科室的工作量、工作强度和技术难度，不能反映服务质量和病人满意度，绩效考核既要反映出工作量，更要反映出医疗质量。
 
合理的考核体系应限制以经济利益为目标的管理行为，以科室和个人产生的劳动价值对医院和社会的贡献来进行考核。
 
这些贡献不是经济效益，不单纯追求数量，而是追求质量，不是“多收多得”，而是“优劳优得”，这需要通过指标的许多核心要素来实现。
 
考虑到目前医院正处于快速发展时期，主要强调医疗工作的质量和数量，尽可能多地覆盖人民群众，努力缓解群众看病贵难的现象。
 
因此，临床医生应采取院科两级分配的模式，同时采用“基本薪酬+（服务量+疑难风险）×（医疗质量+医疗安全+满意度+医德医风+医药费用控制+工作考勤）”的绩效分配模式，促进服务量和医疗质量同步增长发展。
 如何建立规范、统一、公正、合理的考核体系？如何应用绩效？它应该与未来的事业发展（如医院、学科和部门）以及聘任（如学科带头人和科室主任）联系起来。低绩效和高绩效决定了个人在医院、在行业中的前程，只有这样才会对绩效高度关注。
 
目前，医院存在着一些不合理的现象，有些部门相对容易赚钱，分配就高。有些科室辛劳程度一点不亚于其他科室，但不能赚很多钱，反而分配较低。
 
就像在肥沃的土地上播种可以产生大量的粮食，而土地贫瘠，再怎样耕耘怎么用心收成总是低的。所以要处理好不同学科不同专业之间的差异性，绩效分配不能根据科室收支结余的多寡而定。
 
实行医院管理绩效考核与分配以服务质量和岗位工作量为主的综合绩效考核和岗位考核制，具体分为临床科室领导和临床科室医生两类人员进行绩效考核和分配。
 
临床科室负责人的绩效考核和分配，主要由医院根据其所管理的临床科室所承担的医疗服务进行。并综合考虑其在科室管理、业务发展、预算执行、人才培养、科研教学等方面的表现，分阶段制定固定浮动系数。然后根据临床科室内负责管理的在职医生的平均绩效奖金数据，将两者的乘积构成临床科室主任的绩效评价值和分配价值。
 
如何体现公平、合理性与竞争性的关系？如果盲目追求公平，将会对学科间的合理竞争和同一部门的医务人员之间的合理竞争产生负面影响，因此既要体现公平，又要体现合理性。
 
霍尔斯认为，评估的结果并非绝对公平，但如果我们能在评估过程中把握到公平，就能实现相对的公平。这样可以更有效地调动医务人员的工作积极性，而不是创收积极性。